Po powrocie do niepodległej Polski został powołany do służby w Wojsku Polskim w 16 pułku piechoty w Tarnowie. W marcu został przeniesiony na front czeski do Cieszyna. W czerwcu 1919 roku został awansowany do stopnia kaprala. Podczas wojny polsko-bolszewickiej, pod koniec października 1919 roku został przeniesiony na front litewsko-białoruski, gdzie we wrześniu został mianowany podchorążym, a w styczniu 1920 otrzymał awans na podporucznika w batalionie szturmowym 6 Dywizji Piechoty. Za osobistą odwagę w obliczu wroga i wykazanie inicjatywy w dowodzeniu w bitwie pod Połonicą-Bogdanówką, 30 sierpnia 1920 został przedstawiony do odznaczenia Krzyżem Srebrnym Orderu Wojskowego Virtuti Militari, który wręczono mu w 1922 roku. Ponadto za męstwo na polu chwały otrzymał Krzyż Walecznych. Pod koniec 1921 roku został przyjęty do zawodowej służby wojskowej. W 1922 awansował na stopień porucznika. W latach dwudziestych był oficerem zawodowym 20 pułku piechoty w garnizonie Kraków. W 1928 roku został awansowany do stopnia kapitana piechoty. W listopadzie 1928 został przeniesiony do Szkoły Podchorążych Piechoty w Ostrowi Mazowieckiej. We wrześniu 1930 roku został przeniesiony do 55 Pułku Piechoty w Lesznie., natomiast w 1932 był oficerem 35 pułku piechoty w Brześciu nad Bugiem. Na stopień majora został mianowany 19 marca 1938 roku. W grudniu 1938 roku z rozkazu szefa Biura Personalnego Ministerstwa Spraw Wojskowych został przeniesiony na stanowisko komendanta Wojskowej Składnicy Tranzytowej na Westerplatte

O godzinie 4:45 dnia l września 1939 roku pancernik „Schleswig-Holstein rozpoczął bombardowanie Westerplatte. Obrona tej małej polskiej strażnicy w Gdańsku zadziwiła i natchnęła walczący naród. Załoga Westerplatte składała się ze stu osiemdziesięciu żołnierzy, których zadaniem była obrona powierzonego odcinka w ciągu sześciu-dwunastu godzin, do chwili nadejścia pomocy. Tymczasem żołnierze dowodzeni przez majora Henryka Sucharskiego i kapitana Franciszka Dąbrowskiego ostrzeliwani od strony morza i lądu, wytrwali aż siedem dni. Kilka razy dziennie Polskie Radio podawało krótki, ale optymistyczny komunikat: „Westerplatte się broni”. Cały kraj z zapartym tchem śledził zmagania garstki żołnierzy z potęgą hitlerowską, i dzięki nim, cały kraj wierzył w ostateczne zwycięstwo. Po siedmiu dniach załoga, nie mając już amunicji, nie mogąc udzielić pomocy ciężko rannym, zdecydowała się na kapitulację. W uznaniu bohaterstwa i niezłomnego ducha załogi Westerplatte, dowództwo niemieckie pozwoliło majorowi Henrykowi Sucharskiemu odejść do niewoli z szablą przy boku. Wraz z innymi oficerami został odwieziony do Hotelu Centralnego w Gdańsku. Następnie był przetrzymywany kolejno w obozach Stablack, Riesenburg (Prabuty), w Oflagu IV A Hohenstein, Oflagu II B Arnswalde (Choszczno), Oflagu II D Gross-Born (Borne Sulinowo – Kłomino). W marcu 1945 roku podczas ewakuacji obozów jenieckich uległ wypadkowi i trafił do szpitala niedaleko Schwerina. Po uwolnieniu, w lipcu 1945 roku przedostał się do dowództwa 2 Korpusu Polskiego we Włoszech. W styczniu 1946 został przyjęty do służby wojskowej z przydziałem na dowódcę 6 Batalionu Strzelców Karpackich. Od 19 sierpnia przebywał w brytyjskim szpitalu wojskowym w Neapolu, gdzie zmarł 30 sierpnia 1946 roku na zapalenie otrzewnej. Henryk Sucharski został pochowany 1 września na Polskim Cmentarzu Wojskowym w Casamassima we Włoszech.

21 sierpnia 1971roku szczątki majora Henryka Sucharskiego zostały ekshumowane i przewiezione do Polski. 1 września 1971 urnę z prochami udekorowano Krzyżem Komandorskim Orderu Wojennego Virtuti Militari i złożono na Westerplatte. 16 marca 2021 roku za zgodą rodziny dokonano ponownej ekshumacji, a szczątki majora przeniesiono do gdańskiego kościoła św. Brygidy, gdzie oczekiwali na ostateczny pochówek na nowym cmentarzu na Westerplatte. Ostatecznie major Henryk Sucharski oraz dziewięciu poległych obrońców Składnicy Tranzytowej zostali pochowani na nowo otwartym Cmentarzu Wojska Polskiego na Westerplatte 4 listopada 2022 roku.

W czerwcu 1987 roku na Westerplatte, papież Jan Paweł II spotykał się z młodzieżą. Przybyli tam również westerplatczycy z kraju i z zagranicy. W swojej homilii papież - Polak odwołał się do przeżyć żołnierzy walczących pod dowództwem majora Henryka Sucharskiego, którzy dali przykład szlachetnej walki w obronie ojczyzny, walki nierównej, bohaterskiej: „Każdy z nas, drodzy przyjaciele, ma w życiu jakieś swoje Westerplatte. Jakiś wymiar zadań, który trzeba podjąć i wypełnić. Jakąś słuszną sprawę, o którą nie można nie walczyć. Jakiś obowiązek, powinność, od której nie można się uchylić. Można przegrać w walce zbrojnej, można ulec przemocy, ale nie można utracić ducha...”.